Das Bildungssystem in Benin entspricht dem französischen System. Nach der sechsjährigen Grundschule schließt eine zweigeteilte Sekundarschule an. Diese endet nach vier Jahren mit der mittleren Reife bzw nach weiteren drei Jahren mit der Matura. Benin hat drei Universitäten, zwei davon im Süden, eine im Norden. Die Universitäten verfügen über medizinische Fakultäten, es werden jedoch jährlich nur wenige Studierende an diesen zugelassen. Die Zulassung wird durch den Staat reglementiert.
Die Schulpflicht beträgt sechs Jahre. Lange Zeit war auch an öffentlichen Schulen Schulgeld zu bezahlen, was dazu führte, dass die sehr kinderreichen Familien vor allem Mädchen nicht in die Schule schickten, weil sie sich das Schulgeld nicht leisten konnten. Ende der 90-er Jahre hat die Regierung daher das Schulgeld für die ersten sechs Jahre abgeschafft. Nach wie vor besteht jedoch das Problem, dass es in manchen Regionen im Umkreis von 5 Kilometern keine öffentliche Schule gibt. Die Alphabetisierungsrate liegt aktuell nur bei rund 50%.
Das katholische Schulwesen ist gut verankert und vor allem für seine gute Qualität bekannt.